隨著氣相色譜儀的推廣應用，毛細管色譜技術目前已用于各種復雜混合物分析，包括大氣及環境污染物質、生物試樣、食品、礦物燃料、宇宙物質和一些無機物及金屬有機物等。毛細管色譜柱可分為空心柱、填充毛細管柱、微填充柱及多孔層空心柱等類型。我們選擇毛細管色譜柱的時候應該從以下幾點考慮。

毛細管色譜柱內徑的選擇

     毛細管色譜柱的內徑直接影響柱子的分離效率、保留特性和樣品容量。通常內徑小的色譜柱柱效更高，分離效果更好；而大內徑的色譜柱柱容量大，載樣量高，通常使用的毛細管柱內徑可分為：0.53mm、0.32mm、0.25mm和0.20mm0.53mm，   其中，0.25mm的柱子，柱效較高，但柱容量較低；而0.32mm的柱子，柱效比0.25mm的色譜柱稍低，但柱容量高約60%;而0.53mm的柱子，具有類似于填充柱的柱容量，可用于分流進樣，也可用于不分流進樣。對于復雜樣品的分離，可采用小內徑的色譜柱，當柱容量是主要考慮因素時（如痕量分析），選擇大內徑毛細管柱較為合適。

毛細管柱固定相的選擇

    在做實驗分析的時候如果不知道選擇何種固定相，可以從非極性柱或弱極性柱如SE-30或SE-54開始試用，如效果不好，再按極性漸強的順序選用中等極性直至高極性柱逐一嘗試，直到有較令人滿意的分離度。

毛細管色譜柱液膜厚度的選擇

     膜厚度影響柱子的保留特性和柱容量。厚度增加，保留也增加。薄液膜厚度的毛細管柱比厚液膜的毛細管柱洗脫組分快，所需柱溫度低，且高溫下柱流失較小。恰當的膜厚可以使組分得到更好的分離。0.1—0.2μm薄液膜低負荷量，高溫下流失較小，適合于高沸點化合物的分析，適于配高靈敏檢測器。0.25—0.33μm標準液厚一般商品柱的標準液膜。0.5—5.0μm厚液膜較高的樣品負荷量，在高溫下流失較大，適于分析低沸點樣品。

毛細管色譜柱長度的選擇

    理論上講，毛細管柱越長，總柱效越高，峰分離效果越好，柱子越短則組分出的快，分離效果差甚至分不開。如果分析樣品十分復雜時就要考慮比較長的色譜柱。如：50米、60米、100米色譜柱，柱越長，分析時間也越長，一般分離度增加一倍，柱長必須增長4倍。5—12m短柱：分離少于10個組份（不包含難分離物質對）的簡單樣品。25—30m中長柱：分離10—50個組份的樣品。50m長柱：分離大于50個組份或包含有難分離物質對的復雜樣品。