在氣相色譜儀分析中，由于水分對分析有較大的影響，因此當面臨直接進水樣時候一般會存在較大的疑慮。水分的影響主要體現在四個方面：

（1）水的氣化膨脹系數很大，進樣時容易導致襯管超載，直接影響峰面積重現性；這種問題還會污染襯管上方氣路，影響后面的實驗；

（2）水的表面能很大，而大部分的毛細管柱固定相的表面能較低，導致水的潤濕性能很差，嚴重影響峰形；

（3）很多檢測器是怕水的，如 ECD、MSD和 NPD，大量水蒸汽的進入會導致這些檢測器的性能下降，水進樣量較大時還容易使 FID 火焰熄滅；

（4）鹽類和很多不揮發性物質易溶于水，隨水樣進入而污染氣相系統；

鑒于上述潛在的危害，氣相色譜應用應盡量避免采用水做為進樣溶劑。如果不得不進水樣，應當參考下面幾點建議：

（1）確保所用的檢測器是不怕水的；

（2）選擇不怕水的色譜柱，交聯鍵合技術的 WCOT 色譜柱一般不怕水，而非交聯鍵合的色譜柱不建議進水樣；PLOT型色譜柱中，一些固定相（如分子篩、氧化鋁）由于極強的吸附性不宜進水，而有機多孔聚合物類型的色譜柱（如PLOT Q 或U）有良好的耐水性，因此PLOT色譜柱能否進水樣請具體參照廠家的建議；

（3）建議使用大體積的襯管 (≥900μl) 和小的進樣量 (≤0.5ul) 來避免襯管超載；

（4）初始柱溫最好大于等于100℃；適當加長分析后對柱子的高溫烘烤間，特別是在初始溫度不太高的時候；如果初始溫度低于 100℃，建議定期以 200℃ 烘烤柱子。