在液相色譜儀分析方法開發時選擇合適的有機溶劑需要考慮幾大關鍵因素(見最后的表格)。其中，黏度是重要因素之一，因為高黏度溶劑會產生高背壓，因而可能會對儀器系統帶來限制。

　　其它重要的溶劑特征還包括UV截止波長和極性指數：UV截止波長較高會導致UV/Vis檢測的靈敏度不佳，而溶劑的極性指數較低則往往會導致化合物洗脫較快，因而通常用于色譜柱的清洗。

　　優選溶劑：

　　乙腈、甲醇、丙酮

　　乙腈 毫無疑問是優選的有機溶劑，因為其在與水的混合體系中產生的系統背壓極低，而且UV截止波長也很低，因此UV/Vis檢測的靈敏度更高。

　　甲醇 是另一種常用的有機溶劑，它的洗脫強度與乙腈相當，UV吸收相對其他溶劑也較低，而且價格比乙腈便宜得多。甲醇的主要缺點是粘度較大帶來的高背壓，尤其是在使用小粒徑的HPLC色譜柱時更為明顯。

　　雖然丙酮 的UV吸收較高，但如果分析物在較高的UV波長進行檢測，或者使用其它類型檢測器，如質譜或ELSD，則丙酮也可以進行有效的使用。

　　次選溶劑：

　　乙醇、異丙醇/正丙醇、四氫呋喃

　　一般不建議使用乙醇，因為其在與水的混合體系中產生很高的背壓。但是有時乙醇對于針對成品的制備方法來說是優先選擇，因為它可以避免溶劑殘留。

　　異丙醇和正丙醇 的洗脫強度較高，也是色譜柱進行低流速清洗最常用的溶劑，但是它們同樣會產生較高的背壓。另外，它們是很好的助溶劑，在分析完整蛋白時經常被使用。

　　四氫呋喃 的洗脫強度與正丙醇相當，但由于較昂貴所以不太常用。但是，它可以作為脂肪或高色素樣品的清洗或再生溶劑。