氣相色譜的分析對(duì)象是在校溫下具有一定的揮發(fā)性、對(duì)熱穩(wěn)定購(gòu)物質(zhì)。因此它只限于分析氣體和沸點(diǎn)低的化合物或揮發(fā)性的衍生物。而高效液相色譜由于以液體作為流動(dòng)相，只要被分析的物質(zhì)在選用的流動(dòng)相中有一定的按解度，便可以分析，所以適用性廣，不受樣品揮發(fā)性和熱穩(wěn)定性的限制，特別適合于那些沸點(diǎn)高、極性強(qiáng)、熱穩(wěn)定性差的化合物，例如，生化物質(zhì)和藥物、離子型化合物、熱穩(wěn)定性差的天然產(chǎn)物等。在目前已知的有機(jī)化臺(tái)物中，只有20%樣品可不經(jīng)化學(xué)處理而能滿意地用氣相色譜分離，80%的有機(jī)化合物要用高效液相色譜分析。

     氣相色譜中流動(dòng)相是惰性的，它對(duì)組分沒(méi)有作用力，僅起運(yùn)載作用、而高效液相色譜的流動(dòng)相不僅起運(yùn)載作用，而且流動(dòng)相對(duì)組分有一定親合力，可以通過(guò)改變流動(dòng)相種類和組成提高分離的選擇性，另外可作流動(dòng)相的化合物多，選擇余地廣。與氣相色譜相比，高效液相色譜的另一個(gè)優(yōu)點(diǎn)是樣品的回收比較容易，只要開口容器放在柱子末端，就可以很容易地將所分離的各組分收集。回收是定量的，可以用來(lái)提純和制備具有足夠純度的單一物質(zhì)。高效液相色譜不足的是，檢測(cè)器的靈敏度不及氣相色譜。必須特別注意“柱外效應(yīng)”對(duì)柱效率及色譜分離的影響。